Um die Bewilligung für das Projekt zu erhalten, wird bei den verantwortlichen Stellen für das Gewässer eine Projektdokumentation inklusive Antrag eingereicht. Der Umfang der Projektdokumentation hängt von der Grösse und der Komplexität des Projektes ab und umfasst folgende Punkte:

• Ausgangslage mit kurzem Beschrieb des Gewässerzustandes und der ermittelten ökologischen Defizite (Meilenstein 1)
  
  
• Aufskizzierter Soll-Zustand mit ökologischem Mehrwert (Meilenstein 2)
  
  
• Vorstellung der Projektinitianten, Projektleiter und allfälliger Unterstützer (z.B. kantonaler Fischereiverband)
  
  
• Dokumentation der geplanten Massnahmen mit Darstellung auf einer Gewässerkarte
  
  
• Evtl. Detailpläne und Skizzen (Baupläne) der geplanten Massnahmen
  
  
• Angaben zur Ausführung (falls bereits vorhanden): Wer realisiert wann?
  
  
• Kostenschätzung (insbesondere, wenn die Projektdokumentation für die Suche nach finanziellen Unterstützern genutzt werden soll)
  
  
• Dokumentation der betroffenen Akteure und Resultat allfälliger bereits getroffener Vereinbarungen (Meilenstein 3)

Ähnlich wie bei einem Baugesuch wird empfohlen, die Projektdokumentation möglichst vollständig zu erstellen. Sie kann in der Folge sowohl für die Suche nach weiteren Unterstützern (Helfer, Trägerschaft, Finanzmittel), als auch für das mögliche Bewilligungsverfahren genutzt werden. Ausserdem kann sie für die Vermarktung des Projekts genutzt werden. 

Bereits bei der Projektdokumentation sollte man sich Gedanken zur Erfolgskontrolle machen (siehe Meilenstein 10). Abhängig von der gewählten Methode sind eventuell bereits vor den Aufwertungsmassnahmen zusätzliche Datenerfassungen nötig (z.B. Bestandesanalyse anhand Elektrobefischung).